по поводу коленей:
1. правильная разминка перед пробежкой
2. обязательно беговые кросовки
3. посмотрите видео, обучающие правильной технике бега. Избавит от пробем не только с коленями, но и снимет нагрузку с позвоночника
4. витаминные комплексы с акцентом на защиту суставов и связок, для маньяков - отдельные препараты защищающие суставы.
5. так же можно использовать эластичный бинт, для ситуативного решения проблемы

Ну и удачи в этом замечательном увлечении!